La Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales tiene sus raíces en la Academia de Matemáticas de Madrid, fundada por Felipe II en 1582 a iniciativa de Juan de Herrera. La institución abarcaba distintas áreas de conocimiento y pretendía reunir a los científicos más eminentes de la época para poner sus conocimientos al servicio de la Corona.
Sin embargo, la falta de fondos redujo drásticamente estos objetivos iniciales y, tras dos siglos de inestabilidad, una resolución real extinguió la institución en 1783.
A pesar de ello, el espíritu de la Ilustración revitalizó las iniciativas academicistas. En 1734 se funda la Real Academia de Medicina y Ciencias Naturales pero los vaivenes políticos frustaron el proceso.
Ya en el siglo XIX y con la llegada al Gobierno del liberal Martínez de la Rosa, se funda, en 1834, la Real Academia de Ciencias Naturales de Madrid. Trece años después, bajo el reinado de Isabel II, se reorganiza en tres secciones diferentes dedicadas a las ciencias exactas, a las ciencias físicas y a las ciencias naturales, rebautizando la institución como Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. La inauguración oficial del nuevo organismo, cuya sede se hallaba en el convento de la Trinidad (Atocha), se produciría el día de Navidad de 1847.
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